それでも好きです。。。

my $diff = diff($filepath1, $filepath2, { STYLE => 'Unified' });

このように渡すと日本語は文字化けするので、utf8 デコードされた文字列を渡すかファイルハンドルを渡すと良い。

# ■ 文字列を渡す
my $string1 = readtext($basedir . 'file1.txt', 'utf8');
my $string2 = readtext($basedir . 'file2.txt', 'utf8');
my $diff = diff(\$string1, \$string2, { STYLE => 'Unified' });
# ※ readtext() は指定文字コードでテキストファイルを読み込む自作関数

# ■ ファイルハンドルを渡す
open(my $f1, '<:utf8', $basedir . 'file1.txt');
open(my $f2, '<:utf8', $basedir . 'file2.txt');

my $diff = diff(\*$f1, \*$f2, { STYLE => 'Unified' });

close($f1);
close($f2);

自前でテキストファイルを読み込む関数なんてのを用意して無ければファイルハンドルを渡すのが手っ取り早いかと。